Dia E?relata a conspiração da Stille Hilfe (Ajuda Silenciosa), uma organização secreta de alemães nostálgicos da Juventude Hitlerista que visam vingar a Segunda Guerra Mundial por meio de “outras armas” que “não são de pólvora e não explodem, mas matam”. O plano, chamado “Dia E,” é orquestrado por Alois Hiedler, o filho secreto de Adolf Hitler.
O enredo acompanha Marcello Moraes, um ex-detetive brasileiro recrutado em 1973 que, após cumprir missões como o assassinato de Tancredo Neves em 1985, torna-se consultor de segurança nos EUA e detecta a iminência do ataque.
A chave para deter o ataque é possuída por Paula Honn, uma desenvolvedora alemã-brasileira da SHCorp (empresa de software da organização) que foge após descobrir o plano e é posteriormente localizada pelo FBI no Brasil.
